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學院有草業(yè)科學、水土保持與荒漠化防治、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、土地資源管理、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理5個本科專業(yè)，2005年新增設生態(tài)保護與資源利用試點本科專業(yè)。學院有草業(yè)科學、水土保持與荒漠化防治、生態(tài)學、草畜種質(zhì)資源學、植物營養(yǎng)學、土壤學、野生動植物保護與利用、土地資源管理8個碩士學位授予點；草業(yè)科學、水土保持與荒漠化防治、土壤學、野生動植物保護與利用、草畜種質(zhì)資源學5個博士學位授予點，草業(yè)科學學科和水土保持與荒漠化防治學科設有博士后流動站。

學院下設草地資源管理、牧草及藥用植物利用、水土保持與荒漠化防治、植物學、土壤與植物營養(yǎng)學、土地資源管理、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理7個教研室；草地資源、牧草生產(chǎn)、土壤學、植物學、地理信息系統(tǒng)、沙地生物資源保護6個實驗室。學院設有教育部與自治區(qū)共建的“草業(yè)與草地資源實驗室”、國家林業(yè)局開放性實驗室“沙地生物資源保護和培育實驗室”，“內(nèi)蒙古自治區(qū)沙地（沙漠）生態(tài)系統(tǒng)與生態(tài)工程實驗室”和“內(nèi)蒙古自治區(qū)草品種育繁工程技術研究” 和“內(nèi)蒙古草業(yè)研究院”。2008年國家財政部批準設立與地方共建高校特色優(yōu)勢學科“草地資源與保護”實驗室；2009年教育部批準設立“植物學實驗教學示范”建設單位。內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學沙漠治理研究所掛靠在該學院。在巴彥淖爾市磴口縣中國林業(yè)科學研究院沙漠林業(yè)實驗建有內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學實踐教學基地；“賽罕烏拉森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站”；在包頭苠仁藥業(yè)公司建有“中（蒙）藥材產(chǎn)、學、研示范基地，在校內(nèi)、外建有牧草實驗實習基地等10個教學實習基地。